La principal discrepancia radica en que el Ejecutivo canario desea que el CNV asuma la "gestión integral del fenómeno volcánico", una tarea que el Ministerio de Ciencia considera incompatible con las responsabilidades del Instituto Geográfico Nacional (IGN), cedidas por el Estado desde 2004.
El Ministerio de Ciencia ha sentenciado que "ningún gobierno puede utilizar un convenio para cambiar competencias que están fijadas por ley", aclarando que el propósito del centro es aunar la investigación y no el seguimiento en tiempo real de los fenómenos volcánicos. Esta postura responde a las denuncias de "bloqueo" por parte del Cabildo de La Palma, cuyo presidente, Sergio Rodríguez, criticó la demora en la firma del convenio.
Fuentes del Cabildo palmero también señalan desacuerdo del Ministerio con la propuesta de una doble sede, una principal en La Palma y otra secundaria en Tenerife. La presidenta del Cabildo de Tenerife, Rosa Dávila, se ha alineado con la postura palmera, calificando la infraestructura de "esencial para reforzar la seguridad, la investigación, la prevención y la capacidad de respuesta ante riesgos volcánicos".
El Ministerio de Ciencia admite retrasos, pero los atribuye a un "desacuerdo entre partes". La idea original del CNV surgió de la necesidad de aunar instituciones implicadas en el estudio volcánico tras la erupción de La Palma en 2021, para evitar duplicar esfuerzos. La propuesta inicial incluía al Instituto Volcanológico de Canarias (Involcan), el ITER, el CSIC, la Universidad de La Laguna (ULL) y el IGN.
El IGN es el único organismo con responsabilidad de vigilancia sísmica y volcánica desde 2004. El Ministerio advirtió que el CNV debía integrar y reforzar la coordinación científica y administrativa, pero no asumir la gestión volcanológica, lo cual incurriría en "ilegalidad" y crearía "incertidumbre".
El conflicto se intensificó el 20 de marzo de 2026, cuando el Ministerio solicitó retirar la "gestión integral del fenómeno volcánico" del borrador del convenio. El Gobierno canario insistió en mantenerla el 30 de junio, lo que el Ministerio considera un retraso "innecesario".
La creación del CNV, incluida en los Presupuestos Generales del Estado de 2023 con una partida de cinco millones de euros, fue propuesta inicialmente en 2022. El Cabildo de La Palma denuncia además un recorte económico, pasando la partida a 2,9 millones de euros, mientras el Ministerio asegura que la financiación total de 5 millones se proporcionará gradualmente.
